Maputo terletak di tepi barat Teluk Maputo, di mulut Sungai Tembe. Teluk ini memiliki panjang 95km (50 mil) dan lebar 30km (20 mil). Sungai Maputo mengalir menuju sisi selatan teluk.
Didirikan pada akhir abad ke-18, kota ini dinamakan Lourenço Marques dari Lourenço Marques, pedagang Portugal yang pertama menjelajahi wilayah ini pada 1544. Pada 1895, pembangunan jalur rel ke Pretoria, Afrika Selatan menyebabkan populasi kota ini tumbuh. Pada 1898, Lourenço Marques menjadi ibu kota Mozambik. Pada Perang Boer, Winston Churchill, setelah ditangkap oleh suku Boer, membuat pelarian yang berani ke Lourenço Marques. Setelah kemerdekaan kota ini diubah namanya menjadi Maputo.